值得一提的是,這篇文章的數據分析是在烈冰生信團隊精心打造出的NovelBrain云計算平臺上完成的。這也是烈冰NovelBrain云計算平臺從幕后走到臺前,第一次出現在權威知名期刊,正式地為卓越的研究工作提供堅實的技術支撐,邁出了具有里程碑意義的第一步。
文章的整體思路:
NovelBrain生物信息云平臺實現了高通量測序數據分析的流程化、自動化。文章數據分析基于平臺中circRNA分析流程。RNA-seq的序列共鑒定出27296條circRNA,通過與數據庫中已有的circRNA比對,研究者注釋了8225條新circRNA。并通過qPCR、RNA-FISH、northern blot、sanger測序等實驗手段驗證了circRNA確實是存在的。然后通過Luciferase分析和miRNApull down實驗以及對circHIPK3的過表達和knock down之后circHIPK3、其host基因HIPK3以及miR-124的表達量變化,驗證了circHIPK3通過結合miR-124發揮miRNA sponge的功能。
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