單細(xì)胞/空轉(zhuǎn)/轉(zhuǎn)錄組/生物信息
截止2024年8月底，烈冰生物已為國(guó)內(nèi)多家醫(yī)院和科研機(jī)構(gòu)提供支持，助力300+CNS國(guó)際學(xué)術(shù)期刊文章發(fā)表，IF10+文章占比＞60%。本次小編篩選部分代表性文章，帶大家了解單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)應(yīng)用于國(guó)自然熱點(diǎn)研究領(lǐng)域的研究思路。
烈冰生物合作伙伴上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬仁濟(jì)醫(yī)院薛婧團(tuán)隊(duì)于近期在CancerCell期刊發(fā)表了題為：Tumorcell-intrinsicepigeneticdysregulationshapescancer-associatedfibroblastsheterogeneitytometabolicallysupportpancreaticcancer的研究論文。作者基于臨床數(shù)據(jù)以及小鼠腫瘤模型的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)，鑒定出一類獨(dú)特的富脂型CAF亞群，并詳細(xì)解析了SETD2缺失型的胰腺腫瘤調(diào)控CAF異質(zhì)性、以及富脂型CAF如何促進(jìn)腫瘤細(xì)胞代謝重塑的交互機(jī)制。烈冰生物參與了本研究中的單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)和數(shù)據(jù)分析工作。發(fā)表日期：2024年4月
繼上次公布NovelCyto實(shí)驗(yàn)現(xiàn)場(chǎng)過(guò)程后（戳這里了解獲取詳情），大家對(duì)下機(jī)測(cè)序數(shù)據(jù)分析的結(jié)果非常關(guān)注！！！NovelCyto的實(shí)力到底如何？今天烈小冰就用實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)，帶您進(jìn)行全方位了解！實(shí)驗(yàn)流程樣本信息：小鼠胚胎組織（數(shù)據(jù)量>100G/樣本）實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)：Batch1、Batch2（兩次生物學(xué)重復(fù)，均使用烈冰自研NovelCyto單細(xì)胞捕獲方案）注：以下實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)結(jié)果均來(lái)源于同一樣本（小鼠胚胎組織）解離后的細(xì)胞懸液，在相同實(shí)驗(yàn)條件下（時(shí)間，儀器，試劑，初始上機(jī)細(xì)胞數(shù)等）完成。實(shí)戰(zhàn)數(shù)據(jù)測(cè)評(píng)01測(cè)序數(shù)據(jù)均達(dá)國(guó)際一線水平實(shí)際數(shù)據(jù)情況：以上便是此次烈小冰為大家?guī)?lái)的數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)測(cè)評(píng)結(jié)果。總的來(lái)說(shuō)，NovelCyto微孔法重力沉降單細(xì)胞捕獲方
烈冰生物合作伙伴華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院附屬同濟(jì)醫(yī)院諶科教授、陶振教授、管維教授和海軍軍醫(yī)大學(xué)附屬長(zhǎng)征醫(yī)院任善成教授發(fā)表在《NatureGenetics》的文章影響因子：IF=30.8實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)研究團(tuán)隊(duì)使用，對(duì)100份未經(jīng)治療的ccRCC樣本和50份配對(duì)的正常鄰近組織（NATs）進(jìn)行了分析。基因組的分析結(jié)果表明本研究中最頻繁的突變基因與之前的研究一致；轉(zhuǎn)錄組和蛋白組的數(shù)據(jù)表明，腫瘤和正常臨近組織（NATs）之間有顯著的區(qū)別。代謝組學(xué)分析結(jié)果與轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組分析的結(jié)果一致，并發(fā)現(xiàn)ccRCC的一個(gè)標(biāo)志，研究團(tuán)隊(duì)從一個(gè)公開(kāi)的scRNA-seq數(shù)據(jù)集生成了一個(gè)ccRCC的特征矩陣，。其中，IM1腫瘤的特征是內(nèi)皮細(xì)胞和基質(zhì)細(xì)胞特征豐富，免疫細(xì)胞
皮膚是身體最大的器官，由表皮和真皮組成，并包含毛囊(hairfollicle,HF）等附屬器官，在體溫調(diào)節(jié)、身體保護(hù)、新陳代謝和感知等方面發(fā)揮重要作用。毛囊(HF)形態(tài)發(fā)生可分為誘導(dǎo)期(Induction)、器官形成期(Organogenesis)和細(xì)胞分化期(Cytodifferentiation)三個(gè)階段。在HF形態(tài)發(fā)生過(guò)程中，最初可觀察到的結(jié)構(gòu)是誘導(dǎo)期的毛囊基板(hairplacode,Pc)。然而，早期胚胎皮膚細(xì)胞的時(shí)空轉(zhuǎn)錄組圖譜還沒(méi)有被完整地描述過(guò)，這對(duì)于人體皮膚相關(guān)疾病的研究非常重要。
再發(fā)利器，重磅上線NovelCytoTMv1.0微孔單細(xì)胞捕獲技術(shù)方案！！￥5888元/樣本超高性價(jià)比的國(guó)產(chǎn)微孔單細(xì)胞捕獲技術(shù)方案01NovelCyto微孔單細(xì)胞捕獲原理v1.0微孔單細(xì)胞捕獲技術(shù)方案基于微孔板技術(shù)進(jìn)行單細(xì)胞的分離與捕獲。具體來(lái)說(shuō)，細(xì)胞懸液注入微孔芯片后，上樣細(xì)胞和磁珠受重力作用分別自然沉降落入微孔中，實(shí)現(xiàn)單個(gè)細(xì)胞的分離與捕獲。02烈冰單細(xì)胞捕獲技術(shù)方案優(yōu)勢(shì)01靈活度高-多種組織樣本兼容自研出NovelCytoTMv1.0單細(xì)胞捕獲設(shè)備，靈活上樣烈冰基于自主研發(fā)技術(shù)，對(duì)磁珠表面的捕獲探針進(jìn)行一系列優(yōu)化，。v1.0微孔單細(xì)胞捕獲技術(shù)方案的數(shù)據(jù)測(cè)評(píng)！03突破底價(jià)-暢享一流單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)NovelCytoTM，04Cyto
圖1：CytoNavigator轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)的差異基因頁(yè)面正式推出CytoNavigatorTM轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)！一次解決RNA-seq分析的痛點(diǎn)，讓您享受數(shù)據(jù)分析的過(guò)程，輕松獲得高質(zhì)量文章級(jí)圖片。烈冰生物自2010年起即深耕轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域，公司自主研發(fā)了多個(gè)轉(zhuǎn)錄組相關(guān)算法，如發(fā)表在期刊核酸研究以及BriefingsInBioinformatics上的差異可變剪接算法ASD和CASH等；并助力研究團(tuán)隊(duì)發(fā)表Nature、CancerCell在內(nèi)的300+高質(zhì)量轉(zhuǎn)錄組相關(guān)學(xué)術(shù)期刊文章，如助力中科院頂級(jí)研究團(tuán)隊(duì)在Nature發(fā)表全球首例自閉癥猴模型等。圖2：引自LiuZ,etal.Nature.,2016本次我們推出的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系
對(duì)2023年部分重點(diǎn)文獻(xiàn)進(jìn)行了梳理，希望能夠更好的幫到科研工作者~發(fā)表時(shí)間：202305單細(xì)胞捕獲平臺(tái)：烈冰10XGenomics平臺(tái)研究亮點(diǎn)：研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)基因工程編輯小鼠、PDX小鼠等模型，利用單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)，以及大量的功能實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，揭示了雄激素剝奪治療（ADT）誘導(dǎo)的SPP1+myCAFs是驅(qū)動(dòng)去勢(shì)抵抗性前列腺癌（CRPC）發(fā)展的關(guān)鍵基質(zhì)成分，并深入研究了該群CAFs的起源與作用機(jī)制。原文鏈接：DOI：10.1016/j.ccell.2023.05.016起始過(guò)程中的癌前病變發(fā)表期刊：CellDiscoveryIF=33.5采樣組織：人的口腔組織DOI:10.1038/s41421-023-00532-43NNMT富集AQP5+
