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烈冰生物植物單細胞測序新突破！！！
烈冰客戶再發力，Nature Plants植物科學頂刊發文，揭示了愈傷組織能再生器官的秘密！
2021年11月15日，中國科學院分子植物科學卓越創新中心徐麟研究組于Nature Plants（IF=15.793）雜志發表封面文章“Pluripotency acquisition in the middle cell layer of callus is required for organ regeneration”，翟寧為論文第一作者，研究從單細胞和分子層面揭示了愈傷組織具有器官再生能力的機制。
烈冰生物參與了本次植物單細胞測序工作，馬上跟隨小編一起來看看這篇文章的研究思路和結果分析吧！
實驗設計
樣本信息：擬南芥野生型Col-0、擬南芥雙突變體（wox5-1 wox7-1和plt1-21 plt2-21）誘導產生的愈傷組織
技術手段：單細胞轉錄組測序、轉錄組測序、RT-PCR、免疫共沉淀、酵母雙雜交、細胞譜系追蹤、生長實驗
單細胞捕獲平臺：BD Rhapsody
實驗結果
01 愈傷組織單細胞轉錄組分析
作者對擬南芥下胚軸（Col-0）外植體誘導產生的愈傷組織進行了單細胞測序，獲得了10個細胞簇，愈傷組織大致分為三個細胞層，通過Marker gene鑒定發現，外層細胞（細胞簇0和1）特異性表達表皮和根冠的marker基因（PDF1、ATML1和PIN2等）；中層細胞（細胞簇2）具有根尖靜止中心（QC）的特征（特異性表達PLT1、PLT2和WOX5等基因），擬時序分析也發現中層細胞可向外層和內層細胞演化；而內層細胞（細胞簇3、4、5）特異性表達TMO5、SMXL3等基因，類似于根尖的維管初始細胞。
利用特征基因表達模式和細胞譜系追蹤等方法，作者發現基因WOX5和PLT1在中層細胞中特異性表達，能在生芽培養基（SIM）上培養出不定芽的細胞，而在根尖分生組織形成過程中，WOX5的表達逐漸從中間細胞層限制到干細胞生態位表達，說明愈傷組織中層細胞不僅與QC有著高度類似的轉錄組特征，也是根和芽再生的源頭干細胞。
02 WOX5在愈傷組織中層細胞中的作用
利用酵母雙雜交、免疫共沉淀等技術，作者發現WOX5可直接與基因PLT1/2相互作用。相較于野生型Col-0，兩種雙突變體樣本的生芽和生根的能力顯著降低，TAA1（內源生長素合成基因）可與WOX5和PLT1在細胞中共表達，但表達下調。RNA-seq、RT-qPCR、ChIP–seq等多技術聯合分析發現，器官再生需要WOX5-PLT1/2蛋白復合體激活TAA1的表達，以促進生長素的積累。
03 WOX5/7在調節愈傷組織細胞分裂素中的作用
進一步的，作者還發現WOX5/7可以直接和ARR12結合形成復合體，抑制ARR5的表達，從而解除細胞分裂素的負反饋信號通路，促進細胞分裂素反應。
04 愈傷組織中層細胞模型構建
最后作者構建了愈傷組織多能性機制的模型。在分子層面，WOX5/7可能至少通過兩種途徑促進再生：（1）WOX5/7與PLT1/2相互作用，激活內源??素合成基因TAA1 的表達，以維持高生長素水平；（2）WOX5/7與ARR12相互作用并抑制ARR5的表達，通過解除細胞分裂素信號傳導中的負反饋機制，達到細胞分裂素超敏感狀態。
05 結論
總的來說，愈傷組織中層細胞通過促進??素的產?和提?細胞分裂素的敏感性獲得多能性，從?促進器官再?。
原文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41477-021-01015-8
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烈冰生物成立于2010年，專注于單細胞測序領域科研服務。基于10x Genomics單細胞平臺，烈冰開展了單細胞轉錄組、單細胞免疫組、單細胞 ATAC、單細胞多組學，以及空間 轉錄組等多種產品在內的全套科研解決方案，搭配烈冰自研 NovelBrain®單細胞云分析平臺，集成 200+軟件工具、50+標準化分析流程模板，“0”代碼玩轉數據分析；同時采用可視化、便捷式單細胞瀏覽器，實現分析結果的交互式結果呈現，滿足科研用戶更加多樣化的需求。
截至2021年10月，烈冰助力發表單細胞測序文章近20篇，包括多篇Immunity（IF=31.75），Nature Cell Biology（IF=28.8）等國際前沿高分期刊，平均影響因子IF=15.73！烈冰在單細胞領域助力人、鼠、猴等10+物種類型；肺、結腸、皮膚、腦等50+組織類型的科學研究，10000+樣本處理經驗助力腫瘤（肝癌、膀胱癌、肺癌等），神經，發育，白血病和Covid-19等多領域的高分文獻發表！
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