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定制化科研服務——交給烈冰,做您所想 時間:2017-12-27

烈冰科技創始至今,每一個項目圍繞客戶需求展開,定制最適合的方案,只要您有需要,烈冰就為您出力。我們竭盡全力讓每一個信任我們的客戶滿意,并花費大量人力、物力和時間。烈冰擁有一支具有一流水平的生物信息分析團隊,旨在高效率提供標準流程化的生物信息分析,同時根據不同的項目需求,提供定制化的深度數據挖掘服務。當然除了數據分析外,烈冰的團隊也可以為研究者的課題做出嚴謹的建議。烈小冰覺得,比起所謂的價格優勢,時間優勢,物超所值或者至少物有所值才是更重要的,這也是烈冰的服務宗旨,以客戶為根本,提高客戶幸福感。

網絡圖太難、種類太多難以選擇?烈冰幫你搞定

基因互作網絡

研究中,常常會發現差異基因過多,并且所屬信號通路也很復雜,難以將相關基因聯系起來并找到“核心”基因。烈冰團隊整合基因間相互作用關系,并采用網絡圖展示差異基因間復雜的互作網絡/信號傳遞網絡,幫助研究者快速定位到“核心”基因。

Sun L et al., Sci Rep, 2016

共表達網絡

對于已知注釋信息進入深入的分析挖掘之后,研究者往往希望能夠找到更多的創新點。烈冰團隊基于轉錄組基因的實測表達值,為研究者構建基于統計學和“圖論”原理的共表達網絡,通過研究處理前后共表達網絡拓撲結構變化,了解基因間的潛在關系和規律,進一步找到實驗處理前后發生改變的關鍵基因進行深入研究。

Zhang et al., Arch Toxicol, 2013

GO-Tree分析

在得到差異基因及其顯著富集的GO功能條目后,烈冰團隊為研究者構建并提供GO-Tree功能樹,通過該分析,研究者可以清晰的總結研究的核心基因所影響的生物學過程。

Miao et al., Mol Cell Endocrinol, 2015

可變剪接驗證率太低很苦惱?烈冰幫你搞定

烈冰團隊早在2014年即自主研發了高驗證率可變剪接算法ASD (Alternative Splicing Detector,網址:http://www.ayzzj.com/asd/ASD.html),該算法發布后即被大量文獻引用,其中不乏Nature Communications、PloS Genetics 等高分期刊。17年烈冰研發總監宗杰博士率生物信息研發團隊開發的“進階級”可變剪接分析算法CASH(Comprehensive AS Hunting,網址:https://sourceforge.net/projects/cash-program/),無論在有生物學重復還是無生物學重復樣本中,CASH都顯著提升了樣本之間差異可變剪接事件的檢測能力,尤其是新的可變剪接事件,驗證準確率高達70%!在針對不同測序深度數據的測試中,CASH始終表現出優于其他算法的檢測率。即使是在低數據量下,CASH依舊力壓其他算法,始終維持著極高的敏感性及特異性。

CASH算法檢測效率驗證

烈冰團隊利用Flux模擬器模擬了一系列數據,其中包含已有注釋的以及新的差異可變剪接事件,測序深度分為30x,50x和100x。結果顯示MISO,rMATS以及DEXSeq在使用重建后轉錄本的情況下,其檢測效率要高于使用參考基因組,但還是顯著低于CASH。即使是在30x的數據量下,CASH依舊能夠維持著極高的敏感性及特異性。

Wu et al., Brief Bioinform, 2017


烈冰團隊一研究不夠深入?烈冰幫你搞定

ceRNA分析

lncRNA可作為ceRNA(competing endogenous RNA,競爭性內源RNA)與miRNA相互作用,參與靶基因的表達調控,并在多種疾?。ɡ绾芏鄬W者研究的腫瘤)的發生發展中發揮重要作用。烈冰團隊整合多種算法,協助研究者完成lncRNA-miRNA-mRNA互作網絡圖,直觀的展示這三者之間的調控關系。

Miao et al., Sci Rep, 2016

circRNA也可以作為ceRNA(competing endogenous RNA,競爭性內源RNA)與miRNA結合,影響基因的調控表達。烈冰團隊協助研究者對其進行分析,從而進一步研究circRNA對基因表達的調控作用。

Huang et al., Nat Commun, 2016

甲基化-mRNA聯合分析

基因啟動子區甲基化能影響基因表達,可變剪接位點甲基化影響基因可變剪接發生,轉座子區甲基化影響轉座子活動,種種因素使得很多研究者對甲基化和轉錄組的聯合分析很感興趣,烈冰的生信團隊會根據項目情況,設計最合適的研究切入點,協助研究者找到關鍵基因。

Spencer DH et al., Cell, 2017

小RNA和甲基化相關性分析

小RNA和甲基化之間的聯系也相當緊密,如小RNA產生位點基因啟動子區DNA甲基化影響小RNA表達,小RNA通過調控甲基轉移酶影響基因甲基化水平等,烈冰團隊會根據客戶實際研究,設計最佳生信分析方案。

Coruh et al., Plant Cell, 2015

樣本過于復雜難以下手分析?烈冰幫你搞定

WGCNA功能預測

WGCNA(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,加權基因共表達網絡)是一個基于基因表達數據,構建基因共表達網絡的方法。烈冰團隊協助研究者利用WGCNA進行功能預測,根據基因表達模式,將基因進行分組。例如在circRNA的功能研究中,可以根據“凡是能夠互相形成共表達關系并且成簇的基因,具有類似的功能”,認為circRNA和它所屬簇中mRNA具有類似的功能,并且可以通過mRNA所富集功能和信號通路對circRNA對于表型的影響進行預測。

Wang et al., Frontiers in plant science, 2017

烈小冰介紹得比較粗略,也不夠全面,要是感興趣,可以直接聯系我們的銷售詳細咨詢,您專屬的方案咨詢顧問會為您設計定制化方案。

烈冰服務流程

其實,說到定制化,烈小冰要再為大家推薦烈冰團隊耗時8年開發的NovelBrain®云計算平臺。該平臺是行業內實現高度定制化分析的云計算平臺,烈冰科技充分考慮到了生物信息大數據分析的復雜性和特殊性,NovelBrain®云計算系統不僅能新建或修改工作流,而且能在分析運行前、運行中、運行后均可任意修改和運行分析流程,并保證分析過程可追溯和可重現,真正實現生物大數據分析的高度定制化。

烈冰的服務沒有太多華麗的噱頭和頻繁促銷,我們把所有的精力都投入到了精益求精中,給客戶更優質的服務。您有需求,烈冰幫您完成,以客戶為根本,提高客戶幸福感,烈冰一直都是這樣堅持的,以后也會繼續堅持。如果您有任何關于實驗或生信的想法和需求,請直接與當地銷售或撥打021-51827998與我們聯系,烈小冰竭誠恭候。