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近日，《基因組蛋白質組與生物信息學報》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 簡稱GPB）公布了2022年度“中國生物信息學十大進展”，針對肝臟腫瘤免疫微環境中的中性粒細胞的大隊列研究成果《Liver tumor immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity》上榜。
值得注意的是，該研究采用124例肝癌患者病例的160個樣本，8只小鼠的29個新鮮組織樣本，基于Drop-seq技術（10x Genomics平臺)進行了大隊列中性粒細胞在肝癌的免疫微環境亞型的異質性研究。
這與我們大家探討過的基于單細胞測序技術如何有效捕獲中性粒細胞的問題不謀而合，雖然Drop-seq技術對中性粒細胞的捕獲提出了更高的要求，但如此大規模的應用該技術對中性粒細胞的研究，或許可以給大家一些參考。
單細胞捕獲技術：Drop-seq
單細胞捕獲平臺：10x Genomics
單細胞數據分析工具：細胞聚類分析，subCluster分析，差異基因表達分析，GO/Pathway分析，基因集富集分析，公共數據（單細胞、轉錄組、空間轉錄組）聯合分析等
主要技術手段：scRNA-seq、多色免疫熒光、ATAC-seq、外顯子測序等
中性粒細胞是一類“嬌滴滴”的細胞，通常在體內進入外周血后存活不超過一周，體外存活不超過24小時。脆弱細胞更需要溫和的呵護，且先前的肝癌單細胞研究中均未報道過中性粒細胞的存在。
本研究中，團隊也強調了中性粒細胞獲取的特殊性。針對樣本前處理環節，研究團隊對組織樣本保持最小的操作時間，僅采用MACS死細胞去除處理細胞懸液，將樣本前處理時間從手術后縮短（腫瘤和鄰近肝組織）到2h內（包括PCR反轉錄的實驗過程），延長處理時間可能導致中性粒細胞捕獲失敗。
數據分析環節，中性粒細胞UMI檢測范圍設置為100-6000，其他細胞群的UMI檢測范圍保持在500-6000，最終在基因CSF3R、S100A8和S100A9表達的基礎上，共鑒定出34307個中性粒細胞。
11個中性粒細胞亞群中，團隊成功鑒定出6群腫瘤相關中性粒細胞，分別富集在外周血、癌旁和腫瘤組織中。其中兩個中性粒細胞亞群CCL4+ TAN和PD-L1+ TAN可能促進了腫瘤的生長。基于細胞共培養、轉錄組測序、ATAC-seq和多色免疫熒光等實驗，團隊發現CCL4+ TAN招募腫瘤相關巨噬細胞僅為促進腫瘤生長，而PD-L1+ TAN抑制了CD8+ T細胞的殺傷能力。
基于小鼠肝癌自發腫瘤模型，團隊利用Anti-Ly6G抗體進行治療，發現小鼠中性粒細胞去除后有效遏制了肝癌的生長，其骨髓、外周血、癌旁和腫瘤組織的中性粒細胞亞群的開始發生動態變化，中性粒細胞有望成為肝癌免疫治療的新靶點。
結合烈冰既往測序服務經驗和該文章發表情況，基于Cyto-seq的微孔捕獲技術依靠細胞在微孔中的重力沉降作用，捕獲過程比較溫和，無需其他通電加壓等強刺激操作，對此類敏感脆弱的細胞損傷可能較小，對實驗前處理操作要求的包容性也相對更高，更適合此類特殊項目的研究。烈冰自主研發PanoCell蜂巢板，采用微孔捕獲細胞技術，可有效獲得中性粒細胞。
PanoCell平臺已全新上線基于微孔技術的單細胞測序技術服務解決方案——自研PanoCell蜂巢板+BD 平臺原裝進口單細胞捕獲試劑+華大T7超高通量測序儀，全新單細胞測序模式等您來體驗！
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烈冰支持每位科研和醫務工作者，致力于研發創新技術產品、結合現有一流高通量測序技術平臺，為用戶提供一流服務和解決方案，目前已發表Nature、多篇Nature子刊、Immunity和Gut等國際頂級期刊單細胞測序文章70+篇，助力多種腫瘤、腦神經、白血病，Covid-19等等多組織疾病類型的高分文獻發表！
