Single Cell ATAC Sequencing
基于10X Geomics ChromiumTM動態微流控技術,利用Tn5轉座酶酶切開放染色質,形成短片段,單細胞ATAC測序在表觀基因組學水平上,揭示單細胞染色質的可及性問題,區分細胞異質性,獲得開放染色質的位置、轉錄因子的結合位點、核小體的調控區域和染色質狀態等信息,是單細胞表觀遺傳學的重要突破。
Alexandro E. Trevino et al. Cell. 2021 Sep
1.突破性改進制核手段:跳過樣本消化步驟,直接凍存組織進行制核。這種方法可以大大節省時間和資源,并且提高制核效率,細胞核捕獲率高達65%-80%
2.消除細胞解離偏差:消除由于消化偏好性造成的細胞解離偏差,保證制核質量遠高于上機捕獲要求,可以為后續的分析提供更準確的結果。
3.嚴格質量把控:烈冰全程進行嚴格的質量把控,從實驗設計到分析產出提供一站式服務流程,確保客戶獲得高質量的數據和分析結果,并提供全面的支持和解決方案。
4.烈冰自主搭建分析云平臺,一鍵實現數據分析,包括peak calling、聚類、TF-motif、細胞亞群、Marker基因和信號通路富集分析等
樣本類型:
組織、血液、培養的細胞系、制備好的單細胞懸液
質量要求:
1. 細胞活性大于70%
2. 濃度為500-2000細胞/μl
3. 體積不小于200μl
4. 細胞培養基及緩沖液不能含Ca2+和Mg2+
5. 細胞體積小于40μm
客戶樣本--懸液制備---活性檢測--活細胞富集--細胞核制備--核質控檢測--單細胞核捕獲--細胞/轉錄本標簽添加--文庫構建--上機測序
Jason D, et al. Cell, 2018; Wenliang Wang et al. PNAS, 2020.
Darren A. Cusanovich, et al. Cell, 2018.
Jeffrey M., et al. Nature Biotechnology, 2019.
Jason D, et al. Cell, 2018.
左圖為單細胞RNA-seq和ATAC-seq數據整合:通過整合單細胞轉錄組和ATAC數據,確定ATAC細胞類型注釋的可靠性與一致性。
[1] A longitudinal single-cell atlas of treatment response in pediatric AML. Cancer Cell. 2023 Dec; IF=52.9
[2] Transcription factor NFYa controls cardiomyocyte metabolism and proliferation during mouse fetal heart development. Dev Cell. 2023 Dec;IF=20.3
[3] A discrete 'early-responder' stromal-cell subtype orchestrates immunocyte recruitment to injured tissue. Nat Immunol. 2023 Dec; IF=41.0
[4] Single-cell multiomics of the human retina reveals hierarchical transcription factor collaboration in mediating cell type-specific effects of genetic variants on gene regulation. Genome Biol. 2023 Nov ; IF=25.5
[5] Single-Cell Transcriptome Atlas and Regulatory Dynamics in Developing Cotton Anthers. Adv Sci (Weinh). 2023 Jan; IF=19.8
[6] Single-cell epigenetic, transcriptional, and protein profiling of latent and active HIV-1 reservoir revealed that IKZF3 promotes HIV-1 persistence. Immunity. 2023 Nov; IF=57.7