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Transcriptome Sequencing
轉錄組測序（RNA-Seq）的研究對象是特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有mRNA的總和。新一代高通量測序技術能夠全面快速的獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息，從而準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記（SNPs或SSR）等生命科學重要問題。
A workflow for RNA-seq
Ruairi J, Genomics Research, 2018
1. 十三年轉錄組測序分析經驗，自主研發了多個生物學領域內認可的算法，如差異可變剪接算法ASD、CASH等，檢出率和準確度超過同類軟件；
2. 不依賴已有物種信息，可研究非模式物種，針對不同平臺的數據，制定多套流程；
3. 烈冰自主搭建轉錄組分析云平臺，一鍵實現數據分析，包括基礎分析和高級數據分析
4. 整合了眾多學術界公認的轉錄組相關數據庫，從本質上提高后期分析的廣度和精度，助力SCI文獻300+，助力研究團隊在Nature發表全球首例自閉癥猴模型
（圖片來源：Liu Z, et al. Nature., 2016）
組織樣品：
1. 動物組織≥1g；
2. 植物組織≥2g；
3. 細胞樣品≥1×106個；
4. 全血≥2mL；
5. 菌體≥106個或≥30mg。
RNA樣品：
1. 樣品需求量： RNA≥10 μg；
2. 樣品濃度：RNA樣品≥100 ng/μl；
3. 樣品純度：OD260/OD280在1.8-2.2之間，OD260/OD230≥2，28S/18S≥1，動物樣品RIN≥7.0，植物樣品RIN≥6.5，RNA無明顯降解。
1. 客戶樣本：保證細胞量在106個以上，否則則需風險建庫；
2. RNA提?。航浀湓噭┖锌焖偬崛》?；
3. RNA質控：凝膠電泳質控→Nanodrop質控→Agilent2200質控；
4. 文庫構建：polyA建庫；
5. 上機測序：烈冰建議選擇NovaSeq測序平臺，雙端測序，通量大，堿基精度高，且成本低，速度快。推薦數據量：6Gb。
堿基質量結果圖
注：左圖橫坐標代表堿基位點，縱坐標代表堿基質量值，不同顏色曲線代表不同堿基在每條read上的質量值；右圖橫坐標代表堿基位點，縱坐標代表堿基含量比值，不同顏色曲線代表不同位點各堿基含量。
reads在基因結構和染色體上的分布情況
Miao et al., Mol Cell Endocrinol, 2015
注：左圖為reads在不同基因結構（如外顯子、內含子、基因間區、5’-UTR和3’-UTR）上的分布情況；右圖為reads在染色體上的分布情況，橫坐標表示染色體編號，縱坐標表示百分比，灰色柱子表示每條染色體上堿基數占基因組的比例，綠色柱子表示比對到染色體上reads的堿基數占基因組的比例。
基因表達量分析
注：左圖為不同樣本RPKM密度圖，橫坐標表示log10(RPKM)，縱坐標表示每個log10(RPKM)值對應的基因數占比；右圖為不同樣本基因表達箱線圖，橫坐標表示不同樣本名稱，縱坐標表示樣本中每個基因log10(RPKM)分布情況。
差異基因的火山圖和聚類圖
liu et al., Nature, 2016
注：左圖為差異基因的火山圖，紅色表示顯著差異基因，藍色表示非顯著差異基因；右圖為基因表達聚類圖，橫坐標為樣品分組，縱坐標為基因，紅色表示高表達，綠色表示低表達。
基因功能分析
He et al., Cancer Sci, 2017
注：該圖從生物學進程（Biological Process, BP）、分子功能（Molecular Function, MF）和細胞組分（Cellular Component, CC）3個層面展示了差異基因顯著富集的前15個功能條目。橫坐標為-Log2(P-value)/-Log10(P-value)，縱坐標為Go-Term條目名稱。
Pathway富集性分析
He et al., Cancer Sci, 2017
注：該圖展示了差異基因富集的25條Pathway條目。橫坐標為Pathway條目名稱，縱坐標為富集度（Enrichment）,紅色表示顯著性條目，藍色表示非顯著性條目。
GO Tree Miao et al., Mol Cell Endocrinol, 2015
注：該圖展示了差異基因顯著富集的GO Terms內在從屬關系。紅色代表上調基因顯著富集的功能條目；綠色代表下調基因顯著富集的功能條目，黃色代表上調和下調基因都顯著富集的功能條目。
Path-Act-Network Miao et al., Mol Cell Endocrinol, 2015
注：該圖展示了差異基因顯著富集pathway之間的上下游調控關系。紅色表示上調基因顯著富集的pathway；綠色表示下調基因顯著富集的pathway。
共表達網絡
Miao X et al., Scientific reports, 2016
注：相同顏色的圓點表示具有相似共表達能力的基因，圓點的大小表示該基因的K-core程度。
基因互作網絡
Sun L et al，Sci Rep. 2016
注：紅色圓點表示上調mRNAs，綠色圓點表示下調mRNAs。
維恩分析
Chen et al., BMC Genomics, 2014
注：該圖表示上調基因（左）和下調基因（下）的韋恩分析圖，數字分別代表處于不同交集內的基因個數。
趨勢分析
Chen et al., BMC Genomics, 2014
注：研究者基于趨勢分析的眾多結果，歸納、整合，最終鎖定了幾類變化趨勢類型，進而更有針對性的開展后續工作。該研究中最終歸納出了6種顯著性趨勢，研究者選擇了基因個數最多的兩種趨勢，對這些基因進行GO等深入分析。
WGCNA分析 Wan et al., Exp Eye Res. 2018
注：左圖表示基因聚類和模塊鑒定的對應關系，高度共表達的基因群在聚類中處于相似分枝中；右圖表示模塊和表型相關性熱圖結果，方框內上面的數字是模塊ME和表型數據相關性，下面括號內的數字為相關性的P值。
[1] Alteration of tumor suppressor BMP5 in sporadic colorectal cancer: a genomic and transcriptomic profiling based study. Molecular Cancer. 2018 Dec; IF=7.776
[2] Gefitinib for Epidermal Growth Factor Receptor Activated Osteoarthritis Subpopulation Treatment. EBioMedicine. 2018 Jun ；IF=6.183
[3] The GARP Complex Is Involved in Intracellular Cholesterol Transport via Targeting NPC2 to Lysosomes. Cell Rep. 2017 Jun; IF=8.032
[4] Autism-like behaviours and germline transmission in transgenic monkeys overexpressing MeCP2. Nature. 2016 Feb; IF=41.577
[5] Hu, Y. et al. Interactions of OsMADS1 with floral homeotic genes in rice flower development. Mol. Plant 2015 Sep; IF=8.827
[6] Wang F, et al. Alternative splicing of the androgen receptor in polycystic ovary syndrome. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Apr 14;112(15):4743-8. (IF=9.681)