原位空間組學技術(Xenium In Situ)將新鮮冷凍(FF)和石蠟包埋(FFPE)組織中的數百種RNA進行表達分析并精確到亞細胞定位(200納米),相較 Visium 空間轉錄組擁有更高的檢測精度,將會對我們理解腫瘤微環境、免疫、神經科學、細胞特異性、生物發育等方面產生深遠的影響,并進入空間單細胞/亞細胞研究的新時代。
1. 國內最早引入Xenium平臺的公司之一,烈冰率先完成APT測試實驗,現已正式開展客戶的實驗,實現樣本即送即做,助力客戶早日產出科研成果!
2. 烈冰是10x Genomics 官方指定的Xenium原位分析技術服務商!
3. 烈冰已助力發表多篇單轉結合空轉的高分文獻,具有先進的冷凍切片機和數字切片掃描儀,具備豐富的空間多組學的數據分析經驗!
4. 結合烈冰生物CytoNavigator百萬級大通量生產級數據分析系統,能夠實現個性化、定制化地數據分析服務,確??蛻舻难芯窟_到最佳效果!
樣本類型:
新鮮冷凍(FF)樣本:新鮮組織OCT包埋后-80℃速凍,可連同包埋模具一同保存運輸,在包埋模具上好做方向標記,用于確定切片方向;
石蠟包埋(FFPE)樣本:包埋好的石蠟塊或石蠟切片3-5張,4℃保存,干燥運輸。
其它注意事項:
1. 可聯系烈冰提供Xenium專用玻片由老師自行貼片,樣本處理和運輸過程需要在低溫環境
2. 多樣本拼片,需保證同一玻片選擇的Panel相同
3. 組織大小要長寬小于10.45mm*22.45mm(實際捕獲區域大?。?/span>
4. 切片質檢:HE染色質控判斷組織形態、空間信息保留是否完好,DV200 > 30%(DV200 為檢測樣品中大于 200nt 的 RNA 百分比)
5. 目前商業化panel僅支持人和小鼠物種(可定制增加100 genes),具有注釋良好的轉錄組的其它物種需要提前定制設計(具體細節請在送樣前與我司進行提前溝通)
Xenium運行結束無需測序即獲得可解讀,能可視化的結果,同時也兼容Seurat,Stlearn等第三方算法包,對于目的數據進行基于細胞和空間維度的分析與深層次解讀,兼具易用性和深度。
[1] High resolution mapping of the breast cancer tumor microenvironment using integrated single cell, spatial and in situ analysis of FFPE tissue(單細胞、空轉和原位分析(Xenium)聯合解析乳腺癌石蠟切片腫瘤微環境)發表時間:20231219;發表期刊:Nature Communications;物種:人;組織:乳腺癌組織
[2] Decoding spatial organization maps and context-specific landscapes of breast cancer and its microenvironment via high-resolution spatial transcriptomic analysis(高分辨率空間轉錄組學分析(Xenium)解碼乳腺癌和從屬微環境的空間組織解構及其成因)發表時間:20231030;發表期刊:bioRxiv;物種:人;組織:乳腺癌組織
[3]Single cell-resolution in situ sequencing elucidates spatial dynamics of multiple sclerosis lesion and disease evolution(單細胞尺度級別的原位測序(Xenium)揭示了多發性硬化癥病變和疾病演變的空間動態)發表時間:20230630;發表期刊:bioRxiv;物種:小鼠;組織:頸脊髓
[4]Mapping ovarian cancer spatial organization uncovers immune evasion drivers at the genetic, cellular, and tissue level(原位空間組學揭示了卵巢癌的免疫逃逸在基因-細胞-組織水平上的驅動機制)發表時間:20231019;發表期刊:bioRxiv;物種:人;組織:卵巢癌組織