一、目的

比較stringtie 的merge 功能結果與cuffmerge結果差異

二、測試數據

2.1 物種：人類

2.2 測序類型： RNAseq

2.3 bam文件路徑： https://erp.novelbio.com/NBCWebApp/task_getTaskResultPage?taskId=573d62469c064f7b74984816

2.4 stringtie merge結果：https://erp.novelbio.com/NBCWebApp/task_getTaskResultPage?taskId=574ceaef60b2f463a158f41e

2.5 cuffmerge 文件結果路徑： https://erp.novelbio.com/NBCWebApp/task_getTaskResultPage?taskId=5743f3d17882a7d889085d1d

三、結果比較

3.1 數量統計

cuffmerge ERP 計算的FPKM結果中 有51213個基因；stringtie 的merge ballgown計算的FPKM有56427個基因；

共有的基因為18779個基因，cuffmerge特有32414個基因，stringtie merge特有37629個基因，共有基因數目少的原因是，新基因不同軟件命名方式不一樣。

3.2 使用IGV查看差異部分

stringtie merge輸出了有reads覆蓋的轉錄本（外顯子）

stringtie merge輸出了有reads覆蓋的轉錄本（外顯子）

無reads覆蓋的時候merge gtf應該與參考的gtf一致

無reads覆蓋的時候merge gtf應該與參考的gtf一致

結論：使用IGV查看兩個gtf的區別，大部分（約80%到90%）都是相同的，stringtie merge的結果相較于cuffmerge會準確一些。

四、cuffmerge 結果gtf與stringtie merge結果gtf格式差異

4.1 cuffmerge結果

chr1 Cufflinks exon 11874 12227 . + . gene_id "XLOC_004584"; transcript_id "TCONS_00011998"; exon_number "1"; gene_name "DDX11L1"; oId "NR_046018.2"; nearest_ref "NR_046018.2"; class_code "="; tss_id "TSS6302";

chr1 Cufflinks exon 12613 12721 . + . gene_id "XLOC_004584"; transcript_id "TCONS_00011998"; exon_number "2"; gene_name "DDX11L1"; oId "NR_046018.2"; nearest_ref "NR_046018.2"; class_code "="; tss_id "TSS6302";

chr1 Cufflinks exon 13221 14409 . + . gene_id "XLOC_004584"; transcript_id "TCONS_00011998"; exon_number "3"; gene_name "DDX11L1"; oId "NR_046018.2"; nearest_ref "NR_046018.2"; class_code "="; tss_id "TSS6302";

4.2 stringtie merge結果

chr1 StringTie transcript 11874 14409 1000 + . gene_id "MSTRG.1"; transcript_id "NR_046018.2"; ref_gene_id "DDX11L1";

chr1 StringTie exon 11874 12227 1000 + . gene_id "MSTRG.1"; transcript_id "NR_046018.2"; exon_number "1"; ref_gene_id "DDX11L1";

chr1 StringTie exon 12613 12721 1000 + . gene_id "MSTRG.1"; transcript_id "NR_046018.2"; exon_number "2"; ref_gene_id "DDX11L1";

chr1 StringTie exon 13221 14409 1000 + . gene_id "MSTRG.1"; transcript_id "NR_046018.2"; exon_number "3"; ref_gene_id "DDX11L1";