本期，小編帶大家來看看2月份有哪些單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序相關(guān)的高分文章吧~

2月份共整理21篇高分文獻(xiàn)（IF>20），其中，構(gòu)建單細(xì)胞圖譜的文章有6篇，涉及首份人類胸腺細(xì)胞圖譜，靈長類動物衰老卵巢細(xì)胞圖譜、以及對小鼠腸道、皮膚、視交叉上核和內(nèi)皮細(xì)胞的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜進(jìn)行繪制。生長發(fā)育有6篇，包括干細(xì)胞分化、類原腸胚、類器官；腫瘤相關(guān)的文獻(xiàn)3篇，免疫相關(guān)的文獻(xiàn)4篇；神經(jīng)科學(xué)2篇。

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下面小編將針對7篇CNS文獻(xiàn)進(jìn)行簡單介紹：

一、

題目：MAFG-driven astrocytes promote CNS inflammation

DOI號：10.1038/s41586-020-1999-0

發(fā)表期刊：Nature

影響因子：43.07

發(fā)表日期：20200212

研究方向：多發(fā)性硬化癥

摘要：多發(fā)性硬化癥是中樞神經(jīng)系統(tǒng)的慢性炎性疾病。星形膠質(zhì)細(xì)胞可引起多發(fā)性硬化癥發(fā)病，但對星形膠質(zhì)細(xì)胞的異質(zhì)性及其調(diào)控知之甚少。研究人員通過單細(xì)胞RNA測序結(jié)合細(xì)胞特異性Ribotag RNA譜分析、轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)測序分析（ATAC–seq）、染色質(zhì)免疫沉淀測序（ChIP-seq）、DNA甲基化的全基因組分析以及基于CRISPR-Cas9的體內(nèi)遺傳干擾技術(shù)，報道了多發(fā)性硬化中的星形膠質(zhì)細(xì)胞及其臨床前模型實驗性自身免疫性腦脊髓炎（EAE）的分析結(jié)果。并且在EAE和多發(fā)性硬化癥中鑒定出星形膠質(zhì)細(xì)胞，其特征在于NRF2的表達(dá)減少和MAFG的表達(dá)增加，而MAFG與MAT2α協(xié)同作用以促進(jìn)DNA甲基化并抑制抗氧化劑和抗炎轉(zhuǎn)錄程序。星形膠質(zhì)細(xì)胞中的粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子（GM-CSF）信號驅(qū)動MAFG和MAT2α的表達(dá)以及促炎性轉(zhuǎn)錄模塊，導(dǎo)致EAE中樞神經(jīng)系統(tǒng)病理，并可能導(dǎo)致多發(fā)性硬化。因此，這些結(jié)果確定了多發(fā)性硬化癥的候選治療靶標(biāo)。

二、

題目：Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids

DOI號：10.1038/s41586-020-2024-3

發(fā)表期刊：Nature

影響因子：43.07

發(fā)表日期：20200219

研究方向： 發(fā)育-類原腸胚

摘要：類原腸胚是胚胎干細(xì)胞的三維聚集體，在著床后表現(xiàn)出哺乳動物發(fā)育的關(guān)鍵特征，包括胚層分化和軸向形成。目前，人們已經(jīng)利用顯微鏡研究了類原腸胚中少數(shù)基因的表達(dá)模式，并且尚不清楚在類原腸胚在模擬胚胎時全基因組表達(dá)模式到達(dá)何種程度。研究人員使用單細(xì)胞RNA測序和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)來比較了小鼠類原腸胚與小鼠胚胎。他們確定了各種以前未知的類原腸胚細(xì)胞類型，并表明在胚胎和類原腸胚之間相似地表達(dá)了體節(jié)發(fā)生的關(guān)鍵調(diào)控因子。使用實時成像，研究人員表明體節(jié)發(fā)生時鐘活躍在類原腸胚中，并具有類似于體內(nèi)的動態(tài)。因為類原腸胚可以大量生長，所以他們進(jìn)行了一個小型篩選，從而揭示了降低的FGF信號如何誘導(dǎo)胚胎中的短尾表型。最后，研究人員證明了在基質(zhì)膠中包埋會誘導(dǎo)類原腸胚產(chǎn)生具有正確頭尾模式的體節(jié)，隨著時間沿前后方向依次出現(xiàn)。因此，這項研究顯示了類原腸胚作為模型系統(tǒng)的能力，其能夠以高通量方式研究體外發(fā)育和體節(jié)發(fā)生。

三、

題目：Peripheral T cell expansion predicts tumour infiltration and clinical response

DOI號：10.1038/s41586-020-2056-8

發(fā)表期刊：Nature

影響因子：43.07

發(fā)表日期：20200226

研究方向：腫瘤-免疫T細(xì)胞

摘要：盡管阻斷PD 1及其配體PDL 1相互作用的抗體在癌癥治療中取得了巨大的臨床成功，但其涉及的機(jī)制仍然未知。在腫瘤免疫中闡述T細(xì)胞起源和命運(yùn)的主要限制因素是缺乏癌癥患者中T細(xì)胞個體克隆型分布的定量信息。通過對患有不同類型癌癥的患者進(jìn)行RNA和T細(xì)胞受體深層單細(xì)胞測序，研究人員揭示了腫瘤、正常鄰近組織和外周血中各種T細(xì)胞和T細(xì)胞受體的分布。足夠的證據(jù)表明不僅在腫瘤內(nèi)而且在正常的相鄰組織中，效應(yīng)樣T細(xì)胞均呈克隆型擴(kuò)增。具有這種克隆型擴(kuò)增基因標(biāo)記的患者對抗PDL1治療的反應(yīng)最佳。值得注意的是，在外周血中還可以檢測到在腫瘤和正常相鄰組織中發(fā)現(xiàn)的這種克隆型擴(kuò)增，這提供了一種方便的患者識別方法。對該數(shù)據(jù)以及其它幾個外部數(shù)據(jù)集的分析表明，來自腫瘤外部新鮮的、無窮盡的替代細(xì)胞補(bǔ)充了腫瘤內(nèi)T細(xì)胞（尤其是反應(yīng)性患者），這表明這些患者的癌癥免疫周期持續(xù)激活并可能與臨床反應(yīng)有關(guān)。

四、

題目：A cell atlas of human thymic development defines T cell repertoire formation

DOI號：10.1126/science.aay3224

發(fā)表期刊：Science

影響因子：41.04

發(fā)表日期：20200221

研究方向：圖譜-胸腺T細(xì)胞

摘要：胸腺為T細(xì)胞的發(fā)育分化提供了一個良好的環(huán)境，這一過程是由它們與多種胸腺細(xì)胞類型的相互作用所協(xié)調(diào)的。研究人員使用單細(xì)胞RNA測序來創(chuàng)建人類胸腺的細(xì)胞圖譜，并重建T細(xì)胞分化軌跡和T細(xì)胞受體(TCR)重組動力學(xué)。利用這種方法，研究人員識別并定位了原位CD8αα+T細(xì)胞群、胸腺成纖維細(xì)胞亞型和活化的樹突狀細(xì)胞狀態(tài)。此外還揭示了TCR重組和選擇的偏差，這是由于基因組位置和譜系承諾的動力學(xué)。綜上所述，這些數(shù)據(jù)提供了一個完整的人類胸腺圖譜，對人類T細(xì)胞的發(fā)育進(jìn)行了高分辨率的普查。

五、

題目：Lymphoma Driver Mutations in the Pathogenic Evolution of an Iconic Human Autoantibody

DOI號：10.1016/j.cell.2020.01.029

發(fā)表期刊：Cell

影響因子：36.22

發(fā)表日期：20200213

研究方向：淋巴瘤

摘要：許多自身免疫性疾病中存在致病性自身抗體，但尚不了解它們?nèi)绾翁颖芗?xì)胞免疫檢查點(diǎn)的控制。利用單細(xì)胞多組學(xué)分析，研究人員發(fā)現(xiàn)淋巴樣惡性腫瘤與由常見類風(fēng)濕因子自身抗體引起的混合型冷球蛋白血癥的共享機(jī)制。通過將單細(xì)胞DNA和RNA測序與血清抗體肽測序和抗體合成相結(jié)合，研究人員發(fā)現(xiàn)產(chǎn)生積累突變的克隆樹是由產(chǎn)生致病性自身抗體的罕見循環(huán)B淋巴細(xì)胞構(gòu)成的。調(diào)控B細(xì)胞增殖和V（D）J突變的基因（CARD11，TNFAIP3，CCND3，ID3，BTG2和KLHL6）中存在淋巴瘤引起的突變，這些突變都存在流氓B細(xì)胞產(chǎn)生致病性自身抗體過程中。抗體V（D）J突變通過在低溫度下使抗原結(jié)合的自身抗體發(fā)生相變成為不溶性聚集物而賦予其致病性。這些結(jié)果揭示了人類淋巴瘤腫瘤形成的前階段以及造成致病性自身抗體產(chǎn)生的一系列體細(xì)胞突變。

六、

題目：Single-Cell Transcriptomic Atlas of Primate Ovarian Aging

DOI號：10.1016/j.cell.2020.01.009

發(fā)表期刊：Cell

影響因子：36.22

發(fā)表日期：20200206

研究方向：圖譜-靈長類動物卵巢

摘要：卵巢衰老和女性與年齡相關(guān)的生育力下降的分子機(jī)制仍不清楚。研究人員調(diào)查了年輕人和老年人的非人類靈長類動物（NHP）卵巢的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組情況，并鑒定了七種具有不同基因表達(dá)特征的卵巢細(xì)胞，包括卵母細(xì)胞和六種類型的卵巢體細(xì)胞。卵母細(xì)胞基因表達(dá)動態(tài)的深入解剖揭示了在順序和逐步發(fā)展階段的四個亞型。細(xì)胞類型特異性衰老相關(guān)轉(zhuǎn)錄變化的進(jìn)一步分析揭示了早期卵母細(xì)胞和顆粒細(xì)胞特有的抗氧化劑信號傳導(dǎo)的紊亂，表明氧化損傷是卵巢功能下降的關(guān)鍵因素。此外，在老年婦女的顆粒細(xì)胞中觀察到失活的抗氧化途徑、活性氧增加和凋亡。這項研究以單細(xì)胞分辨率全面了解了靈長類動物卵巢衰老背后的細(xì)胞類型特異性機(jī)制，揭示了新的診斷性生物標(biāo)記物以及與年齡相關(guān)人類卵巢疾病的潛在治療靶標(biāo)。

七、

題目：Single-Cell Transcriptome Atlas of Murine Endothelial Cells

DOI號：10.1016/j.cell.2020.01.015

發(fā)表期刊：Cell

影響因子：36.22

發(fā)表日期：20200213

研究方向：圖譜-小鼠內(nèi)皮細(xì)胞

摘要：人們對不同組織EC的異質(zhì)性仍然了解不完全。研究人員從小鼠11種組織中構(gòu)建了32000多個單EC轉(zhuǎn)錄組圖譜，并鑒定了78個EC亞群，包括健康組織中的Aqp7+腸毛細(xì)血管和血管生成EC。來自大腦/睪丸、肝臟/脾臟、小腸/結(jié)腸和骨骼肌/心臟的EC成對地表達(dá)部分重疊的標(biāo)記基因。與異質(zhì)毛細(xì)管EC相比，動脈、靜脈和淋巴EC在更多的組織中具有更多相同標(biāo)志物。來自不同血管床（動脈、毛細(xì)血管、靜脈、淋巴管）的EC表現(xiàn)出跨組織的轉(zhuǎn)錄組相似性，但是組織（而非血管）類型導(dǎo)致EC異質(zhì)性。代謝轉(zhuǎn)錄組分析揭示了EC相似的組織分組現(xiàn)象和組織之間以及單個組織內(nèi)血管床之間的EC的異質(zhì)代謝基因特征，它們具有組織類型依賴性模式。EC圖譜在公共scRNA-seq數(shù)據(jù)集中鑒定EC亞型，并提供了一個強(qiáng)大的發(fā)現(xiàn)工具和一個有價值的資源。

更多scRNA-Seq高分文獻(xiàn)匯總?cè)缦卤恚?/span>

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序文獻(xiàn)分享

1	單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合TCR||阿爾茨海默氏病人腦脊液中存在克隆擴(kuò)增的CD8+T細(xì)胞
2	Nature||單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序和ATAC-Seq聯(lián)合解碼人類大腦海馬體體發(fā)育與形成機(jī)制
3	單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)||揭示骨髓造血微環(huán)境的分子，細(xì)胞和空間組織構(gòu)架

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